多囊卵巢综合症易混淆疾病用CT和磁共振来鉴定，重庆圣保罗医院妇科主任提醒注意多囊卵巢综合症与下列病种相区分：
肾上腺疾病
包括先天性肾上腺皮质增生腺瘤和腺癌后者主要分泌雄烯酮和DHEA亦为自主性分泌不受ACTH促进和地塞米松抑制而先天性肾上腺皮质增生症羟化酶缺陷者有典型外阴-泌尿生殖窦畸形伴性器发育不良。
甲状腺疾病
包括甲亢和甲低亢时TTSHBG增高，雄激素代谢清除率降低，使血浆睾酮升高致男性化和月经失调甲低时雄激素向雌激素转化增加致无排卵。
遗传性多毛症
有家族史仅单纯性多毛而无多囊卵巢综合症症状和体征，生育力正常。
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卵巢卵泡膜细胞增生症(ovarian hyperthecosis)
该症促性腺激素分泌正常卵巢不增大但卵泡膜细胞呈巢(岛)性增生，血浆雄激素升高，明显伴严重男性化对氯?酚胺治疗不敏感。
胰岛素拒抗综合征和黑色素棘皮瘤
为种脂岛素受体缺陷性疾病(A/B型)可出现类似于PCOS症状体征，其显著特征是高胰岛素血症和颈腋部黑色素棘皮瘤。
高催乳素血症
闭经溢乳不孕PRL和DHEAS升高男性化症候不明显，卵巢正常。
多囊卵巢综合症主要是由于体内激素水平的失衡，患多囊卵巢综合症的不良后果有很多，严重影响广大妇女的身心健康，远离多囊卵巢综合症最好的办法是定期检查，一经发现及时就诊，彻底有效治愈多囊卵巢综合症，就必须对症治疗。
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